FC Ungheni reprezinta traditia fotbalului din oras cu acelasi nume.Radăcinile le poarta din cluburi anterioare ca: FCM Ungheni, Spartac, Olimp, Moldova 03, Abus.
Echipa a fost fondat în 2000. După o pauză de doi ani, apare Fotbal Club Municipal Ungheni, finanțată în totalitate de primărie și este înscrisă în Divizia B a campionatului Național de Fotbal,seria Nord. Inițiativa aparține unui grup de iubitori ai fotbalului reuniți în jurul nou înființatei federații județene de fotbal, ca Valeriu Jardan, Petru Langa, Octavian Viziru, Ion Homițchi. Ultimul devine de altfel antrenorul echipei, pe care o conduce pînă în 2004. Pentru un tur de campionat, 2002 – 2003, echipa este preluată de omul de afaceri Ghenadie Mitriuc și își schimbă denumirea în FC Spartac Ungheni. Acel sezon urma să fie unul dintre cele mai frumoase, echipa a terminat turul pe locul doi în Divizia B, avînd la un moment dat recordul european în materie de goluri marcate pe meci. La meciurile echipei asistă uneori și peste o mie de spectatori. Din păcate, consiliul local îi pune piedici noii conduceri a clubului, astfel încît Mitriuc este nevoit să se retragă. Se remarcă jucători ca Jardan Cristian, Artur Vasilică, Denis Creangă, Eugen Șarpațchi, Vasile Codreanu, Ion Homițchi și debutantul Alexandru Slivinschi.
În sezonul 2003-2004, echipa devine un instrument politic în mîna noului Consiliu Local și își schimbă titulatura în Moldova-03. Clubul este condus de consilierul, Valeriu Ciobanu. Antrenorul echipei, Ion Homițchi este alungat de la echipă de noua conducere. Este instalat Anatol Bacaleț.
În sezonul 2005-2006, echipa este înscrisă în Divizia A. Urmează un debut promițător de campionat, cînd în echipă se evidențiază jocul extraordinar al lui Viorel Primac. După 7 etape, Viorel pleacă în Italia, iar echipa ungheneană întră în criză. Spre final, ocupă locul 13 din 16 echipe acumulînd 16 puncte.
Sezonul 2006-2007 este cel mai prost din istoria recentă a echipei din Ungheni. Conflicte interne, lipsa de coeziune și indiferența conducerii face ca echipa să ocupe penultimul loc suferind cîteva înfrîngeri umilitoare, cu 10:0, 8:1 sau 9:0. suporterii părăsesc echipa, la meciuri abia dacă mai asistă 100 de oameni.
În 2007, pînă în ultimul moment nu se știa dacă va fi echipă de fotbal la Ungheni. Consiliul Local suferă schimbări majore, iar FC Moldova 03 pierde susținerea financiară a Primăriei. Echipa este preluată de noua structura a primariei în frunte cu noul vice-primar de Ungheni, Ghenadie Mitriuc.
Din 2007 echipa îsi schimbă denumirea din Moldova 03 în FCM Ungheni iar mai apoi în Olimp Ungheni.
Din sezonul 2008-2009, aceasta a revenit la denumire de CS Moldova-03 și o păstrează pînă în anul 2011 cînd aceasta devine FC Abus Ungheni, și doar în sezonul 2013-2014 acesta își schimbă denumirea devenind FC Ungheni, în acelaș timp pornind o campanie amplă de dezvoltare a footbalului în localitate.
Primul lucru care s-a realizat a fost crearea unei baze de antrenamente si jocuri. Dintr-un edificiu vechi, au fost concepute vestiare moderne, cu apa, canalizare si 8 dusuri comode. Terenul a fost adus la conditii favorabile pentru joc, fiind udat pe timp de noapte pe parcursul lunilor intregi. Astfel, primul lucru care a demarat au fost investitii de proportii pentru a crea o baza cu conditii care nu au existat pina acum.
Al doilea lucru important care s-a realizat a fost cantonamentul de vara inainte de sezonul 2013-2014.Antrenorul principal Dorin Bambuleac impreuna cu stafful tehnic a fost consultat de antrenorul de baza din Bergamo Salvatore di Costanzo care a cucerit multe trofee din tara sa cu echipe de copii si juniori.
Pentru 2 saptamani, echipa a fost implicata intr-un process de antrenamente complex, de 2 ori pe zi, cu alimentatie zilnica, avand ca meniu pastele italiane, carne fina si legume. Dupa 2 saptamani de antrenamente asidui, echipa a fost pregatita intr-o maniera exceptionala, atat in plan fizic cat si tactico-strategic.Astfel de cantonament a fost unical ca forma si concept pentru oricare echipa de fotbal din Ungheni de pina acum.Intențiile clubului FC Ungheni sunt simple, insa ambitioase. Să joace în Divizia Natională, iar acolo totul este posibil. Bineințeles clubul a elaborat strategii complexe pentru atingerea scopului final, una din ele fiind crearea școlii de fotbal, pentru a-și asigura continuitate pe tot parcursul drumului sau spre succes.
